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也就在万众皆以为大中朝今后会彻底安生下来，全力恢复各地农经的时候，内阁大臣们也在商议着要裁撤一些兵马，准备将精力全都投入到恢复各地经济民生的事情上的时候，海军方面和海上贸易集团都提出来，发动一次大规模的攻势，要将台湾岛拿下来，将盘踞在台湾岛上的荷兰人逐出台湾岛的时候，肖天健却在内阁会议上表示了反对的意见。
对于裁撤过剩的军队问题上，肖天健并未反对，经过这么多年的南征北战之后，大中军也膨胀的非常厉害，经过粗略统计下来，各地的大中军这几年来，为了加强对各地的统治力度，不断的进行征兵，再加上不断的收服各地的乱军和明朝旧部，即便是大中军一边打一边裁撤遣散闲杂人员和老弱残兵，也使得大中军到了天元三年夏季的时候，已经达到了空前的近百万的数量了。
百万大军对于后世也许算不上太多，可是在这个时代，却是一个恐怖的数字，以这个时代的生产力来说，即便是大中朝所辖人口已经过亿，但是一百多个人养活一个兵还有十几万匹各种骡马，对于新立的大中朝来说，无疑是一项非常沉重的负担，何况现在大中朝也是处于百废俱兴的阶段，要花钱的地方太多太多，而且肖天健一心一意要尽快打造出来一支强大的海军，这海军可是纯烧钱的兵种，不裁撤掉大批陆师的话，无论如何也架不住这样的消耗。
再加上当兵的基本上都是青壮年劳力，现在大中朝百废俱兴，大批撂荒农田需要重新复耕，因为前期农业因为天灾战祸遭受破坏严重，耕牛大批被杀掉，农耕更需要以人力为重，可是这么多青壮被征做兵卒，这对于大中朝今后的复苏也非常不利，所以裁撤各地陆师便必须要尽快展开。
所以肖天健也同意内阁大臣们提出的裁军计划，将现有的百万大军裁撤掉三成甚至于一半，令其卸甲归田。
但是内阁大臣们提出的裁军计划，却遭到了兵部上下的反对，他们的理由也很充分，现如今各地刚刚平定，还有许多大明余孽在蠢蠢欲动试图复国，西北方面还有李自成余孽尚未尽数被讨平，而且这些大中军兵将之中，有许多人为大中朝出生入死，现在刚刚立国不久，便要将他们赶回家，这么大批的兵将一旦安置不好的话，便又会成为不稳定因素，使得刚刚稍稍平定下来的局势重新糜烂。
而且永历现在逃入缅甸，北方还有建奴和蒙古人的事情没有解决，下一步肯定还要在北方动兵，所以眼下大批裁撤陆师并不合适。
对于军方的态度彰显出了文武之间的严重分歧和矛盾，这是一场博弈，而肖天健无疑便是这场文武之间的博弈的裁决者。
对此肖天健考虑再三，多次和内阁以及兵部方面进行商量，但是最终肖天健还是下旨，对各地军队进行一次大规模的整编，但是对于裁撤兵马数量，采取了分批裁撤的方式，在本年度也就是天元三年之内，各路兵马现行整编裁撤两成兵马，将军中一些老弱兵将先行裁撤，令其卸甲归田。
当然这次裁军也并非简单的将这些兵将遣散回家务农便拉倒了，对于裁撤兵将，肖天健要求给予厚待，特别是对那些有功的将士，更要给予厚抚，根据其军阶不同，给予数量不等的遣散费。
另外这些兵将遣散之后，要返回原籍进行安置，各地官府要妥善对其进行安排，绝不容许出现让兵将们一回家便立即陷入到饿肚子的境地之中。
好在中国经过这次大变之后，原来各地被大明皇亲国戚以及一些勋戚权贵大量兼并的土地，现如今已经基本上都被收归了国有，这些土地除了可以安排原来大批的失地流民之外，还有不少的剩余，故此撤编遣散兵将返回原籍之后，可按照朝廷的要求，每人可根据田地的厚薄不同，获取到数量不等的田地，作为他们今后养家糊口的基础，而且朝廷对于这些遣散回乡的兵将，还给予免征两年的特殊优待，尽可能的减少这些兵将们返乡之后所产生出的不稳定因素。
另外大中军之中，还有一大批情况比较特殊的人员，那就是这些年来俘获的敌军，因为担心这些俘虏一旦遣散马上变成流匪，所以这些俘虏们也多被编列为辅兵随军看管听用。
对于这一批俘虏，自然不可能像大中军兵将那样得到厚待，但是就地遣散也不是办法，肖天健便提出了一个建立建设兵团的想法，将这批俘虏调至一些边境地区，准其将家人也带上，一起前往这些偏远之地进行编管屯耕。
北方因为天灾战祸的原因，原来边境地区很多地方重新变成了荒芜之地，对于土地的利用率远没有后世那样的见缝插针般的密集，所以还有大量的荒地可供屯耕，可是既然是偏远之地，生存条件肯定要相对恶劣一些，普通的民众是不愿意轻易便去这些地方落户的，唯有通过强力政策，先将一些俘虏送到这些地方安置，带到这些偏远之地各种生存条件改善之后，方能推出各种优惠政策，吸引内地百姓移民，这个办法也是对偏远地区开发的一个不错的办法。
肖天健提出这个想法之后，立即便得到了文武两方的支持，于是在天元三年下半年的时候，大中军便开始了正式的裁军。
一批批俘兵开始被拖家带口的遣送往了各地的偏远地区，而一些老弱残兵也开始在领取到遣散费之后，逐步的返回原籍接受安置，虽然这裁撤遣散这么多兵将，对于大中朝来说，一下便要支出一大笔银子，但是为了今后大中朝的长治久安，户部方面还是想办法咬着牙将这笔钱拨了出来。
但是作为遣散人员，诸军之中的那些在各地讲武堂结业的学员兵们，却被肖天健要求尽数保留了下来，这些人乃是肖天健好不容易培养出来的职业军人，不同于一般招募的兵卒，他们每个人都接受过严苛的训练，对于大中朝和肖天健都非常忠诚，战场上表现的也非常勇敢，一旦将他们裁撤回家，那可就让肖天健心疼大了。
趁着这次南方平定和裁军的机会，肖天健又一次对大中军进行了一次结构性的调整，对大中朝各地军队进行了重新编列，按照原来大中军推行的五五编制，对诸军进行再一次的整编。
大中军现在基本独立作战单位是师一级的作战单位，每个陆军师除了编入五个标准战兵营之外，还另外编入一个师属斥候连，一个师属炮兵营，一个师属辎兵营，一个师属工兵连。
而一个营则下辖五个战兵连，一个斥候小队，一个营属炮兵连，如此类推，使得一个整编师齐装满员的话，兵力达到一万人左右。
另外在师一级的作战单位之外，增设一个团一级的独立作战单位，通过裁撤一些部队的同时，以留下的人员组成独立骑兵团、独立工兵团、独立炮兵团、独立辎兵团等独立兵种的部队，平时不编入作战师，但是在战时可随时按照需要，将这些独立团编入到作战集团之中，作为补充和加强使用。
对于多出的人员进行裁撤，不足的人员进行以其他军中裁撤之后留下的精兵进行补充，使之都达到齐装满员状态。
原来大中军共划分成了四个镇军外加一个战区，另外还有一个直属近卫军，这一次趁着整编的机会，肖天健又一次对大中军进行了重新划分。
取消镇军称呼，并且效仿后世称呼，将镇军改称为军区，成立西北军区、中原军区、北方军区、西南军区、东南军区、辽东军区以及一个近卫卫戍军区，共七大军区。
军区长官的称呼也改称为军区司令长官，下设一个参谋长直领一个军区参谋部，另设两个副司令长官，来构成军区指挥系统，根据其作战任务的强度不同，各辖四个到七个作战师不等。
西北军区还是主要负责陕西、山西一带的防务，司令长官继续由阎重喜担纲。
北方军区主要负责河北、宣大、山东一带的防务，司令长官由刁正担纲。
中原军区主要负责河南、湖广、南直隶一带的防务，司令长官继续由刘宝担纲。
西南军区则主要负责四川云贵三省的防务，司令长官由李栓柱继续担纲。
东南军区则主要负责浙江、福建、两广一带的防务，司令长官由石冉担纲。
辽东军区则主要负责辽东一带的军务，司令长官由罗立担纲，但是暂时辽东还被建奴控制，辽东军区暂时驻于已经改称为北平府的顺天府和永平府，一部分暂时驻于山东登莱一带，下一步大中军势必发动第二次北伐，光复辽东之地，辽东军区方能移驻到辽东。
还有一个近卫卫戍军区现在情况比较特殊，暂时驻在南直隶，负责拱卫现在的临都南京，和中原军区防地有所交叉，但是大中朝已经决定，今后会定都北京，所以今后卫戍军区会随着都城的迁都，也会移至北平府驻防，第一任司令长官由刘耀本担纲。
至于其他跟着肖天健出身的陆师大将们，则基本上都出任了各军区的副司令长官，但是因为赵二驴因为和李栓柱素有间隙，肖天健将其调至了东南军区做了石冉的副手。
本来肖天健是想要让罗汝才出任东南军区司令长官的，这作为他对罗汝才这么多年来，对他一直俯首帖耳鼎力支持的一种嘉奖，但是在年初攻打云南之战中，罗汝才却在军前得病，险一些丢了性命，虽然后来在一些名医的努力下，保住了性命，但是身体却大不如从前了，罗汝才自己也知道没法继续在军中干下去了，平定云南之战结束之后，罗汝才便主动请辞，要求回乡荣养。
于是肖天健只好授罗汝才为定南伯，准其退出军中，并在南京城授其一座大宅，作为他退役之后荣养之所，并且由大中朝终身供养，作为对罗汝才这些年来功劳的回报，罗汝才欣然同意，就此退出了军中，回到了南京城荣养。
但是就在这次的大整编定下来之后不久，阎重喜也因为旧伤复发一病不起，无法继续担任西北军区司令长官之职，于是也请辞退役，肖天健感念于阎重喜劳苦功高，准其退役，授其为三等平西公，在洛阳授其府邸，供其颐养，西北军区司令长官则改由李凌风继任。
除了陆师之外，海军方面也进行了整编，原本统一的海军，以松江府长江口为界，划分成了北方海师和南方海师两个部分。
刘江出任海军总司令长官，原海军大将萧如风出任北方海师司令长官，刘岩明出任南方海师司令长官。
原来海军船只和人员重新划分，将一批兵将和船只划拨到了原本实力很弱的北方舰队，大大扩充了北方舰队的实力。
而北方舰队的总部则没有选在原本设施比较好的登州，而是被肖天健指定选在了浮山所，也就是后世的青岛，另外船队的驻地也选择在了浮山所和威海卫以及登州三地，作为北方海师的主要靠泊补给基地。
至于南方海师的总部则设在了宁波府，船队驻泊地则主要以舟山、温州、泉州、广州四地为主要停泊之地。
整个对军队整顿持续到天元三年年底才彻底结束，所有军队完成了整编和裁员以及换防等事务。
至于海军方面在平定海南岛之后，提出的要出兵征讨台湾，逐走霸占台湾的荷兰人之事，肖天健暂时给压了下去，原因无他，只因为随着南方诸省的平定之后，大中朝下一步用兵的重心要迅速朝北方倾斜，尽快解决盘踞在辽东的建奴，暂时肖天健不想两线用兵，只等解决了建奴这个大麻烦之后，他才会下手解决台湾甚至于琉球国乃至是吕宋的问题。
但是虽然南方诸省永历之乱虽已平定，但是永历帝朱由榔却并未被大中军擒获，在大中军攻占云南的时候，朱由榔见势不好便在一些死忠的随扈之下，落荒逃入了缅甸，被缅甸王收留。
这件事令肖天健很是不喜，历史上朱由榔也是逃到了缅甸，可是没想到这一次他早于历史十几年的时间，却还是没有抓住朱由榔，于是肖天健着令李栓柱在平定云南之后，派兵出征缅甸，对缅甸王施压，迫使缅甸王交出朱由榔。
在天元三年底的时候，李栓柱派出了一支由两个西南军区的轻装山地师从云南出发，进入了缅甸，开始对缅甸王朝用兵，但是缅甸北方山林密布，气候条件和道路条件相当恶劣，虽然大中军入缅，但是这一场仗注定不会打的很顺利，短时间之内估计不会取得太大的成效，但是肖天健认为，这是一场不对称的作战，并不需要投入太多的战力，消耗太多的资源，迟早还是可以解决缅甸的问题的。
最起码这一次西南军区入缅作战，也要将整个缅北给纳入到大中朝的国土之中，逼迫缅甸王对大中朝俯首称臣不可，但是这样的小规模作战，他就全权交给了李栓柱负责，至于他的精力，则开始再一次放在了北方。
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